A Prefeitura Universitária, implantada mediante aprovação do Regimento Geral da UFTM, segmentada em quatro áreas de gestão, tem por missão atender às demandas e cuidar da infraestrutura física, do urbanismo, da gestão ambiental e operacional da Universidade, quais sejam:

•    Gestão de Engenharia e Arquitetura: execução de serviços de obras, de reformas e de manutenção predial;
•    Gestão de Manutenção: execução de serviços de manutenção e reparo dos bens patrimoniais em geral e instalações/redes operacionais;
•    Gestão de Infraestrutura Operacional: execução dos serviços de infraestrutura operacional, tais como: transporte, telefonia, limpeza, portaria e outros.
•    Gestão Ambiental: desenvolvimento de  projetos que visam a defesa e  preservação ambiental, no âmbito da Universidade, como programas  de reciclagem e de educação ambiental.